Środowisko przyrodnicze na terenie arkusza należy do zdegradowanych. Na jego stan wpłynęła historyczna eksploatacja rud cynkowo-ołowiowych, współczesne wydobywanie węgla kamiennego i surowców skalnych oraz wieloletnia działalność wielu zakładów i przedsiębiorstw. Niektóre zagrożenia związane są z gospodarką komunalną.
Długotrwała eksploatacja kopalin doprowadziła do wyraźnego przekształcenia powierzchni terenu. Najczęściej są to opuszczone wyrobiska (kamieniołomy, glinianki, piaskownie), albo tzw. warpie – leje i zapadliska oraz współwystępujące z nimi zwały odpadów pozostałe po płytkiej eksploatacji rud Zn-Pb. Te stare wyrobiska nie były poddawane rekultywacji i w wielu przypadkach są wykorzystywane jako miejsca nielegalnego składowania różnych odpadów.
W rejonie Libiąża występują deformacje terenu: ciągłe (niecki osiadań) i nieciągłe (progi, zapadliska), które są skutkiem oddziaływania górnictwa węgla kamiennego, a zwłaszcza eksploatacji ścianowej na zawał (Program …, 2005). Przekształcenia powierzchni związane są także ze składowaniem odpadów powstających podczas wydobycia i przerobu kopalin. Największe składowiska należą do ZGE Janina i kopalni dolomitu w Libiążu.
Powietrze atmosferyczne. Zanieczyszczenie powietrza obejmuje emisję z zakładów przemysłowych i energetycznych, emisję niską z przedsiębiorstw gospodarki komunalnej oraz emisję komunikacyjną. Emisja niska z palenisk indywidualnych ma niewielki udział w zanieczyszczeniu powietrza z uwagi na charakter i rozproszenie.
W ogólnej ilości zanieczyszczeń emitowanych do atmosfery największy udział mają: ZGE Janina (KWK Janina), Zakłady Thermoplast w Libiążu, Ocynkownia Śląsk w Kroczymiechu i kopalnia dolomitu w Libiążu (Ocena…, 2005; Program…, 2005) rozpraszające zarówno zanieczyszczenia gazowe, jak i pyły.
Ważnym elementem niskiej emisji są zanieczyszczenia komunikacyjne (tlenki azotu, węglowodory aromatyczne i alifatyczne, pyły, tlenki węgla, dwutlenek siarki i aldehydy). Ich źródłem są drogi lokalne o znacznym natężeniu ruchu oraz miasta Libiąż i Chełmek.
Bardzo niekorzystny jest napływ zanieczyszczeń z zachodniej części województwa śląskiego, emitującego ponad 20% zanieczyszczeń pyłowych i gazowych z całej ilości zanieczyszczeń w kraju.
Wody powierzchniowe i podziemne. Największe zagrożenie dla wód podziemnych stanowi eksploatacja węgla kamiennego w ZGE Janina. Zmiany stosunków wodnych sprowadzają się do drenażu pięter wodonośnych przez górnictwo podziemne (wpływ kamieniołomu dolomitu w Libiążu jest nieznaczny) oraz zrzutu wód kopalnianych. W północno-wschodniej części arkusza, w utworach triasu występują też wpływy drenażu związane z górnictwem rud Zn−Pb na sąsiednich arkuszach oraz oddziaływanie ujęć wody w rejonie Chrzanowa (Różkowski, Siemiński, 1995; Szuwarzyński, 2003).
Z uwagi na duże zawodnienie krakowskiej serii piaskowcowej, zakłady górnicze eksploatujące węgiel kamienny w rejonie niecki chrzanowskiej zmuszone są wypompowywać wodę w ilości ponad 100 m³/min, co skutkuje wytworzeniem rozległej strefy drenażu w utworach karbońskich (Wilk, 2003), a lokalnie oddziałuje także na stosunki wodne w utworach triasowych (Szuwarzyński, 2003).
Drenujący wpływ kopalni węgla kamiennego ma charakter stały. Zasięg prognozowanego leja depresji, związany z działalnością kopalni Janina, obejmuje Chrzanów, Babice, Oświęcim i Chełmek. Przekształcenia związane z osiadaniem terenu powodują możliwość łączenia się poziomów wodonośnych. Przykład takiej sytuacji ma miejsce w gminie Libiąż, gdzie w wyniku powierzchniowych deformacji terenu (spowodowanych eksploatacją z zawałem stropu węgla w kopalni Janina) i braku warstw izolacyjnych doszło do połączenia poziomu wód gruntowych i podziemnych, drenażu wgłębnego i rozległego przesuszenia terenu (Program…, 2005).
Źródłem zagrożenia dla wód podziemnych jest składowisko odpadów pogórniczych ZGE Janina w Libiążu, na którym deponowane są odpady skały płonnej, pochodzące z bieżącego wydobycia kopalni. Jest to składowisko nadpoziomowe o naturalnym uszczelnieniu, częściowo zrekultywowane w kierunku rekreacyjno-parkowym. Odcieki ze składowiska ujmowane są za pomocą rowu opaskowego. Monitoring prowadzony w piezometrach w rejonie składowiska wykazał zanieczyszczenie wody przez kadm, ołów i związki azotu, a w rowie opaskowym – ponadnormatywne zawartości siarczanów.
Zrzuty wód kopalnianych z ZGE Janina do wód powierzchniowych prowadzą do obniżenia ich jakości. Zrzucane są wody o podwyższonej mineralizacji, które po oczyszczeniu z zawiesin trafiają do cieków powierzchniowych.
Na jakość wód powierzchniowych wpływa regulacja koryt cieków, gospodarka wodno-ściekowa okolicznych miast, stan melioracji gruntów oraz górnictwo rud Zn–Pb (na arkuszach Myślachowice i Chrzanów) oraz węgla kamiennego (Szuwarzyński, 2003; Wilk, 2003).
Wody dołowe, zrzucane przez ZGE Janina, powodują zasolenie wód Kopalnianki, Rzepki i kanału odwadniającego rejon szybów w okolicy Kosówek, znaczne zawartości siarczanów i metali ciężkich w tych ciekach oraz zakłócenie ich naturalnego zasilania. Inne gałęzie przemysłu i mieszkalnictwo dostarczają ścieków wpływających na wzrost mineralizacji wód oraz ich degradację biologiczną i eutrofizację.
Gleby. Degradacja gleb, związana z oddziaływaniem czynników antropogenicznych, obejmuje obniżenie jakości i ilości próchnicy, zmiany odczynu i struktury, wymywanie kationów zasadowych, a w konsekwencji − spadek zasobności i żyzności. Wśród czynników pochodzenia antropogenicznego istotny wpływ na zanieczyszczenie gleb mają emisje pyłów i gazów ze źródeł przemysłowych i motoryzacyjnych, składowanie odpadów i niewłaściwe rolnicze użytkowanie gruntów. Powszechne stosowanie środków ochrony roślin i nawozów mineralnych powoduje wprowadzanie do środowiska glebowego pierwiastków metalicznych, związków azotowych, fosforoorganicznych, chlorowanych węglowodorów i innych. Zjawisko degradacji chemicznej gleb jest także związane z wykorzystywaniem odpadów i osadów ściekowych do ich nawożenia i wapnowania.
Zanieczyszczenia chemiczne gleb, zwłaszcza metalami ciężkimi, wynikają głównie z działalności przemysłu i komunikacji. Lokalnie są wynikiem działalności górniczej oraz składowania odpadów przemysłowych. Anomalne zawartości metali, szczególnie cynku, ołowiu i kadmu występują w obrębie niewielkich obszarów i są związane z oddziaływaniem na środowisko historycznego przemysłu wydobywczo-przetwórczego rud Zn-Pb, a także z naturalnym tłem geochemicznym nad wychodniami skał rudnych.
Ważnym, choć na ogół niewidocznym w terenie, elementem przekształceń jest występowanie pozostałości po wytopie ołowiu. W miejscach historycznej aktywności hutniczej występują nagromadzenia znacznych ilości tlenków ołowiu, występujących w formie tzw. masykotu (Szuwarzyński, 2008b).